Testy-Biochemie I – 2
Proteiny – struktura -funkce
1. Popište strukturu a-šroubovice, jakými
vazbami je stabilizována, které úseky bílkoviny tvoří přednostně a-šroubovici
2. Jakým způsobem byste určili N-terminální aminokyselinu určitého peptidu?
3. Kterou reakcí obecně se dokazují a stanovují aminokyseliny?
4. Jaké jsou metody stanovení primární struktury bílkoviny
5. Co je terciární a kvarterní struktura bílkoviny?
jakými metodami lze určit terciární strukturu?
6. Vysvětlete princip izoelektrické fokusace bílkovin
7. Jaký je princip dělení bílkovin gelovou permeační chromatografií, uveďte případy aplikace.
8. Při elektroforéze v pufru o pH 5,0 se aminokyseliny Glu, Ala, His rozdělily následujícím způsobem. Přiřaďte uvedené skvrny a zdůvodněte. Zjednodušeně: pKa a-COOH 2,0, pak a-aminoskupin 9.0, pK COOH glutamátu 4,0, pK imidazolové skupiny 6,0.
9. Bílkovina je složena z 90% z a-šroubovice. Níže je zapsána sekvence části této bílkoviny. Která z nich to pravděpodobně je a proč
-Ala-Phe- Thr-Try-Glu-Asp-Try-Phe-Tyr-Met-Cys-Tyr-
-Ala-Gly- Thr-Pro-Glu-Gly-Try-Phe-Pro-Met-Cys-Tyr- 1b
10. Na základě uvedených struktur zdůvodněte, který z proteinů nebude pravděpodobně ochoten tvořit a-šroubovici a proč
a) Glu-Phe-Tyr-Thr-Ser-Ala-Glu-Ser-
b) Glu-Gly-Pro-Ala-Asn-Gly-Pro-Ala-Ser
c) Glu-Glu-Phe-Glu-Glu-Phe-Phe-Glu-Glu
11. Srovnejte rozdíly struktury a-šroubovice a b-struktury. Popište deaily!
12. Hemoglobin je bílkovina tetrametr skládající se ze 2 podjednotek a a 2 podjednotek b.
Podjednotky a a b se od sebe liší velmi nepatrně. Každá z podjednotek má strukturu převážně ve formě a-helixu, zbytek jsou nerepetitivní struktury. Vysvětlete na tomto proteinu, co je primární, sekundární, terciární a kvarterní struktura proteinu.
13 Jakým způsobem byste experimentálně určili izoelektrický bod vámi izolované bílkoviny?
14. Co je to beta struktura proteinu, co jsou nerepetitivní struktury?
15. Co je to hydropatie bílkoviny, jak je tento parametr vyjadřován a jaký má význam.
16. Zakreslete strukturu antiparalelního b-skládaného listu bílkoviny, včetně vodíkových vazeb, které strukturu stabilizují. Co je to paralelní skládaný list?
17. Jaké jsou metody, kterými se určuje typ sekundární struktury
18. Popište princip metody používané k důkazu bílkoviny v roztoku.
19. Popište, jaký je rozdíl v denaturaci DNA a denaturaci bílkoviny
20. Enzym glukosaoxidasa byl izolován afinitní chromatografií. Popište její princip
21. Izolovaná bílkovina je tetramer o celkové mol.hmotnosti 200 tis. Jak byste postupovali při stanovování primární struktury (sekvence této bílkoviny?)
22. Kolagen je bílkovina mající zvláštní sekundární i primární strukturu. V čem tato zvláštnost spočívá?
23. Jaká je role hydrofobních vazeb ve struktuře bílkoviny a kde se tyto vazby uplatňují?
24. Vyjmenujte typy intramolekulárních vazeb, které se podílejí na stabilizaci sekundární struktury bílkoviny. Uveďte příklady
25. Přídavkem vysoké koncentrace soli se rozpustnost bílkoviny v roztoku prudce snížila. Uveďte důvod. Jak ovlivňuje rozpustnost bílkoviny pH?
25. Při vysolování a denaturaci proteinu vzniká sraženina. Jaká je fyzikálně chemická podstata těchto procesů a v čem se obě sraženiny liší?
26. Popište princip použití elektroforézy ke stanovení molekulové hmotnosti bílkovin.
Jak byste postupovali při stanovení celkové primární struktury bílkoviny obsahující 200 aminokyselin.?
27. Jakými metodami byste stanovovali celkovou mol.hmotnost bílkoviny, skládající se ze 4 podjednotek, každá o mol. hmotnosti 50 tis. Jak byste stanovili mol hmotnost těchto jednotlivých podjednotek.
28. Popište princip elektroforézy v akrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsulfátu, k čemu se využívá