Metoda separace buněk, organel a bílkovin vlivem odstředivé síly. Centrifugace se provádí v kyvetách rotorů, jejichž rychlost může dosahovat až několik desítek tisíc otáček za minutu. Vysokých otáček lze dosáhnout pouze ve vakuu.
Dělení buněčných organel diferenciální centrifugací je ukázáno na obrázku: