Náhrada jedné báze v polynukleotidu za jinou. Bodové mutace jsou vyvolány působením analogů bází nebo látek, které tyto báze mění (5-bromuracil - analog thyminu se nepáruje s adeninem, nýbrž s guaninem což po další replikaci vede k náhradě páru AT za GC. Známý mutagenem je kys. dusitá měnící cytosin na uracil.