Elektroforéza probíhá v kapilárách o vnitřním průměru 1 až 10 mm. Tyto kapiláry dobře odvádějí teplo, takže mohou být použity elektrická pole s vysokým napětím, čímž se sníží čas analýzy na několik minut. Toto uspořádání usnadňuje automatizaci a je výhodné použitím minimálního množství vzorku.