Plasmalogeny se podobají svou strukturou glycerolfosfolipidům, avšak uhlovodíkový řetězec v poloze 1 je připojen ke glycerolu nikoliv esterovou, ale etherovou vazbou Tato vazba nemůže být hydrolyzována fosfolipasou. Plasmalogeny se nacházejí v mozku. Na obrázku je struktura ethanolaminového plamalogenu.