Chromatografie založená na iontových interakcích. Využívá se k dělení nabitých malých molekul nebo bílkovin. Nosič pro dělení bílkovin má hydrofilní povahu (např. polysacharid nebo jeho derivát). Připojená funkční skupina je buď anion nebo kation , tj. karboxylová skupina (katexy) nebo aminoskupina (anexy). Při dělení se využívá rozdílného izoelektrického bodu látek. Eluce se provádí změnou pH nebo iontové síly.