Elektroforetická metoda založená na dělení podle rozdílného izoelektrického bodu bílkovin. Přístroj obsahuje kolonku naplněnou amfolyty, což jsou polyionty schopné vytvořit v elektrickém poli gradient pH. Proteiny migrují v elektrickém poli tímto gradientem až do  místa odpovídajícího jejich izoelektrickému bodu, kde je celkový náboj bílkoviny nulový a migrace se zastaví.