Fotoreaktivní chlorofyly vázané spolu s feofytinem a chinonem v reakčních centrech fotosystému I a fotosystému II (název P700 a P680 odpovídá absorpčním maximům pigmentu). Tyto chlorofyly jsou vázány ve formě dimeru (odtud batochromní posun oproti běžných chlorofylům). Chloroplast obsahuje jednu molekulu tohoto pigmentu na 300 molekul běžných chlorofylů, které nejsou fotoaktivní a slouží jako anténa sběru světelné energie.
Na obrázku je ukázána struktura reakčního centra obsahujícího bakteriochlorofyl P870 z bakterie Rhodopseudomonas viridis, která je zřejmě podobná rekčnímu centru rostlin. Centrum obsahuje 4 molekuly bakteriochlorofylu (označeny modře a zeleně), 2 molekuly bakteriofeofytinu (označen černě), 2 molekuly lipidního chinonu a jeden atom železa.