Papain je thiolová proteinasa, izolovaná z plodů papáje, melounovitého stromu (Carica papaya). V aktivním centru se nachází cystein namísto serinu (viz serinové proteinasy). Štěpení peptidové vazby probíhá přes thiolový intermediát a je usnadňováno přítomností histidinu v aktivním centru.