Hlavní regulační bod anaerobní glykolýzy i glukoneogeneze je přeměna fruktosa-6-fosfátu na fruktosa-1,6-bisfosfát (fosfofruktokinasa) a obráceného pochodu (fruktózabisfosfátfosfatasa). Havními allosterickými efektory těchto enzymů jsou ATP, AMP, citrát a dále hormony adrenalin a glukagon.