Opakující se strukturní uspořádání bílkoviny nebo nukleové kyseliny, které je výsledkem interakcí mezi částmi polymerního řetězce. Tato struktura je udržována intramolekulárními vazbami. Příkladem sekundární struktury bílkoviny je skládaný list, a-šroubovice, příkladem sekundární struktury nukleové kyseliny je dvojitá šroubovice DNA.
Sekundární struktura může dále obsahovat tzv. nerepetitivní struktury, jako je neuspořádané klubko nebo b-smyčka.