Rychlost enzymové reakce závisí na pH. Tato závislost je dána ionizací aminokyselinových zbytků vlivem pH, což ovlivňuje terciární strukturu a při extrémních hodnotách může vést i k denaturaci. pH dále ovlivňuje ionizaci substrátu reakce nebo aminokyselin v aktivním centru. Substrát se například může vázat do aktivního místa pouze v protonovaném stavu, apod..
        
       Příklady pH optima: