Konečný tvar, jakým se ve struktuře bílkoviny nebo nukleové kyseliny složí polymerní řetězec. Tato struktura se skládá z domén obsahujících a-šroubovici, skládaný list či neuspořádané části.
Podle typu terciární struktury se bílkoviny dělí na fibrilární a globulární.
Fibrilární bílkoviny mají silně protáhlé molekuly (keratin, kolagen).
Globulární bílkoviny mají v nativním stavu kompaktní sféroidní tvar.